Биологи и математики из МФТИ и США научили компьютер в 10 раз быстрее предсказывать то, как будут взаимодействовать белки внутри клеток, что поможет созданию лекарств от рака и врожденных болезней, говорится в статье, опубликованной в журнале PNAS.
"Новый подход позволяет моделировать взаимодействия белков на уровне генома. Это приведет к лучшему пониманию того, как функционируют наши клетки и позволит разрабатывать лекарства от болезней, вызванных "ошибочными" белковыми взаимодействиями", — заявил Дмитрий Козаков из Московского Физтеха в Долгопрудном и университета Стоуни-Брук в Нью-Йорке (США).
Даже самые простые белки состоят из нескольких сотен и тысяч аминокислот, зачастую закрученных в сложную трехмерную структуру. По этой причине определение того, как один белок будет взаимодействовать с другим внутри организма, является крайне сложной вычислительной задачей, с решением которой с трудом справляются даже суперкомпьютеры.
Козаков и его коллеги смогли заметно упростить эти вычисления и ускорить их как минимум в 10 раз, используя методы квантовой физики, позволившие им "разбить" молекулы белков на своеобразные "кубики", взаимодействие которых друг с другом и соседями можно было просчитать отдельно друг от друга при помощи систем параллельных вычислений.
